Variants de COVID-19 : comparaison, transmission, sévérité du COVID-19 vaccin

[Les infos évoluent vite – cet article est à jour du 21 Janvier 2021 et sera complété plus tard]
Les mutations du coronavirus sont des modifications du génome viral (de la séquence nucléotidique). Celles-ci apparaissent de façon naturelle avec des erreurs de réplication du génome viral et font parties de l’évolution naturelle du virus. Un variant est une version de SARS-CoV-2 qui contient une ou plusieurs mutations par rapport à la souche originelle. La protéine Spike est la protéine de surface du coronavirus qui permet de se fixer aux cellules humaines par le récepteur ACE2. Des mutations sur cette protéine peuvent engendrer un échappement au système immunitaire ou des propriétés différentes associées à une transmission accrue par exemple.

Le variant VOC 202012/01

Il est également appelé lignée B.1.1.7. Les autorités anglaises ont notifié ce variant le 24 décembre 2020 à l’OMS. Ce variant comporte 23 mutations dont des mutations dans le domaine de liaison de la protéine Spike (protéine de surface du coronavirus). Ce variant est associé à une transmission plus importante (+56% au Royaume-Uni et +36% au Danemark) du COVID-19. Au Royaume-Uni, ce variant était associé à un taux de reproduction de base R0 de 1,25 alors que les autres lignes sont associées à un R0 de 0,85. Le R est le nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter. Au 19 Janvier 2021, 60 pays ont rapporté ce variant.

Pour le moment, il n’y a pas d’indication que ce variant est associé à une sévérité accrue de COVID-19. Des données du Public Health England ont montré que les anticorps de plasma de patients infectés par le SARS-CoV-2 classique neutralisent le nouveau variant. Les études sont en cours pour le vaccin.

Le variant 501.V2 (lignée B.1.351)

Le 18 décembre 2020, l’Afrique du Sud a annoncé avoir détecté ce variant associé à une flambée de cas là-bas. Celui-ci serait +50% transmissible en Afrique du Sud.Il n’y a pas de preuve que ce variant est associé à un changement de sévérité de la maladie. Une étude préliminaire suggère que le variant 501Y.V2 pourrait s’échapper partiellement de la réponse immunitaire acquise. Ce variant est résistant à certains anticorps monoclonaux et à certains mélanges d’anticorps venant de plasma des patients anciennement infectés. Il n’y a pas d’information par rapport au vaccin ni le risque de ré-infection.

Au 19 janvier 2021, 23 pays ont rapporté ce virus.

Variant P.1 (lignée B.1.1.28)

Le Brésil a décrit la présence de cette lignée B.1.1.28, le 5 Mars 2020, chez un étudiant de 22 ans. Le variant P.1 a été notifié par le Japon le 9 Janvier 2021. Ce variant comporte 3 mutations en commun (K417N/T, E484K et N501Y) avec le variant 501Y.V2.

Il n’y a pas de preuve que ce variant est associé à une transmission accrue mis à part que ce variant partage la mutation 501Y avec les 2 précédents variants présentés. Il n’y a pas d’information sur l’impact sur la sévérité du COVID-19, ni par rapport au vaccin ni le risque de ré-infection.

Variant L452R

Aux Etats-Unis, le département Californien de Santé publique (CDPH) et l’Université de Californie ont annoncé le 17 Janvier 2021 avoir détecté un variant qui devient de plus en plus fréquent.

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Sources :

Evaluation de l’ECDC : https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf

Rapport OMS/PAHO : Epidemiological update:Occurrence of variants of SARS-CoV-2 in the Americas (20 January 2021)

Variant brésilien : https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586