Un sous-type du VIH-1 hautement virulent identifié aux Pays-Bas

Un sous-type B du VIH-1 hautement virulent (surnommé variant VB) a été identifié aux Pays-Bas d’après une publication dans le journal Science. Ce variant surnommé VB entraînait un déclin plus rapide des lymphocytes CD4 et avait une charge virale en VIH plus élevée.

Les virus VIH

Le VIH est un rétrovirus qui s’attaque aux cellules immunitaires présentant un marqueur de surface CD4, il infecte principalement les lymphocyte T CD4+. Le VIH entraîne la disparition de ces lymphocytes et sans traitement, il donne lieu au SIDA, au syndrome d’immunodéficience humaine. Il en résulte une sensibilité accrue aux infections et à certains cancers, principalement ceux dus à des virus.

Les virus de l’immunodéficience humaine (VIH) sont classés en deux types : VIH-1 et VIH-2. Parmi le type VIH-1, il existe trois groupes : M (major), O (outlier) et N (non-M et non-O). Le groupe M est le groupe majoritaire qui a été identifié pour la première fois dans les années 20 à Inshasa en République Démocratique du Congo. Parmi les sous-types du VIH-1 de groupe M, le sous-type B est principalement présent dans les pays industrialisés.

Impact clinique du nouveau variant de VIH-1

La virulence du VIH-1 est le plus souvent mesurée par les charges virales (la concentration de particules virales dans le plasma sanguin) et le nombre de CD4 (la concentration en lymphocytes T CD4+ dans le sang, qui diminue avec les dommages du système immunitaire causés par le virus). Un traitement antirétroviral réussi conduit à une interruption de la baisse du nombre de CD4.

Un sous-type B du VIH-1 hautement virulent (surnommé variant VB) a été identifié aux Pays-Bas. 109 individus atteints par ce variant (des études ATHENA et BEEHIVE) avaient une charge virale 3,5 à 5,5 fois plus importante et un déclin deux fois plus rapide des lymphocytes CD4  que chez les individus atteints par d’autres sous-types B. Le graphique montre une augmentation de 0,54 log10 du nombre de copies de VIH/mL chez les individus VB (vs non-VB). L’étude ATHENA est une cohorte nationale de patients atteints par le VIH aux Pays-Bas depuis 1996. BEEHIVE est un projet regroupement les données de 8 cohortes.

Le seuil de 350 CD4/mm³ est considéré comme un VIH avancé. Initier un traitement en dessous de ce seuil est associé à un risque x3,6 d’événements graves (y compris décès) par rapport à une initiation du traitement plus précoce. Chez des hommes de 30-39 ans atteints par le variant VB, le seuil de 350 cellules CD4/mm³ est atteint en 9 mois (marge de 2-17 mois) alors que chez les autres, ce seuil est atteint en 36 mois (marge de 33-39 mois) en absence de traitement. En absence de traitement, le stade de SIDA est atteint en 2-3 ans chez les individus atteints par le variant alors que chez les autres, cela met 6-7 ans en Europe.

Le succès d’un traitement peut se mesurer à travers la récupération du nombre de cellules de CD4 et la mortalité. Étant donné qu’il y a peu de participants atteints par ce variant, cette étude n’avait le pouvoir statistique que pour détecter de très grande différence de mortalité entre les deux groupes (VB vs non-VB). Le risque de mortalité toutes-causes était similaire chez les individus VB et non-VB après traitement (Hazard Ratio de 1,4 [0,7-2,8]). Voici les courbes de survie comparant les individus VB et non-VB : on voit que l’intervalle de confiance en orange est très large (peu précis).

Les individus atteints par le variant avaient également un nombre similaire de cellules CD4. Cela peut sembler discordant étant donné que le variant VB entraîne un déclin plus rapide des CD4. Cela s’explique par un diagnostic plus précoce chez les individus VB et un début de traitement plus tôt : la probabilité d’avoir commencé le traitement 2 ans après le diagnostic du VIH était de 93% chez les individus VB vs 65% chez les non-VB. Si les personnes VB n’avaient pas commencé le traitement plus tôt que les autres, on aurait pu s’attendre à une baisse du nombre de CD4 au début du traitement, ce qui pourrait entraîner une augmentation de la morbidité et de la mortalité.

Qui sont les individus atteints par le variant VB ?

Ce sont principalement des homosexuels (82%), de manière similaire aux individus non-VB (76% de gays). Le temps moyen entre l’infection et la diagnostic était de 3,6 ans.

Les analyses génétiques

Les analyses génétiques suggèrent que ce variant est apparu à partir d’une mutation de novo dans les années 90 (et non pas par recombinaison). Une mutation de novo est une mutation d’un gène apparaissant chez un individu alors qu’aucun des parents ne la possède dans son patrimoine génétique. Une mutation dans le gène pol (Met⁴¹ à Leu) entraînant une résistance à la zidovudine a été identifiée chez 91 individus sur 109.

Le mécanisme moléculaire de virulence du variant VB est inconnu. Les auteurs ne pensent pas que ce virus hautement virulent se propagera puisqu’en l’absence de traitement, les hôtes évoluent rapidement vers un stade SIDA limitant les possibilités de transmission. La majeure partie de l’évolution qui a donné lieu à la variante VB s’est produite avant 1992, avant que le traitement combiné efficace ne soit disponible

Cette découverte d’un variant virale hautement virulent et transmissible souligne donc l’importance de l’accès à des tests fréquents pour les personnes à risque et du respect des recommandations de mise en route immédiate du traitement pour toute personne vivant avec le VIH.

J’avais écrit un article sur la PreP qui permet la prévention de l’infection du VIH (accessible à tous) : https://quoidansmonassiette.fr/vih-prep-sida-un-traitement-preventif-prophylactique-contre-le-vih-utile-pour-tous/

Source : Wymant et al. A highly virulent variant of HIV-1 circulating in the Netherlands. Science • 3 Feb 2022 • Vol 375, Issue 6580 • pp. 540-545 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk1688

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