Point sur le variant indien B.1.617

Le variant de SRAS-CoV-2 B.1.617 a été initialement détecté en Inde en Décembre 2020. Début 2021, le variant B.1.617.2 est devenu de plus en plus détecté dans les séquences de génome de coronavirus. Le 12 mai 2021, l’OMS a classé ce variant en Variant of Concern (VOC, variant d’inquiétude). L’Inde a eu une augmentation importante du nombre de cas vers le fin de l’année 2020 à cause de rassemblements politiques et religieux, une diminution de l’application des gestes barrières et la circulation des variants.

Des données préliminaires suggèrent que ce variant B.1.617 est plus transmissible (Public Health England), mais il aurait un impact modeste sur l’échappement immunitaire. Le variant « indien » contient 3 sous-lignages : B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3 avec des mutations différentes mais qui partagent en commun la mutation L452R sur le domaine de liaison au récepteur et les mutations E484Q et T478K pour certains. La mutation L452R serait associée à un risque d’augmentation de la transmissibilité du virus, et à un possible échappement immunitaire (Deng 2021, préprint).

Présence du variant Indien dans différents pays

Voici la situation mondiale au 11 Mai 2021

En France, au 11 Mai 2021, 24 épisodes avec au moins un cas du variant indien ont été détectés dans 8 régions différents d’après Santé Publique France. Le variant B.1.617.2 a été détecté dans 18 épisodes. A noter que pour deux épisodes, il n’y avait pas de lien avec un retour de séjour en Inde. Les enquêtes Flash montrent que le variant identifié au Royaume-Uni (B.1.1.7) reste largement dominant.

Entre le 17 janvier 2021 et le 8 lai 2021, le variant indien B.1.617.2 est détecté dans 3% des séquences de coronavirus de personnes infectées (US CDC).

Au 12 mai 2021, au Royaume-Uni, le variant B.1.1.7 reste dominant (98% des cas) et les variants indiens représentent moins de 1% des cas. Néanmoins, le variant B.1.617.2 a le taux de croissance le plus élevé (sur le graphique, le variant B.1.1.7 n’est pas représenté et le variant B.1.617.2 est en violet clair) (Public Health England).

Est-il plus transmissible ?

Un rapport préliminaire de SAGE estime que le variant B.1.617.2 pourrait être 40 à 50% plus transmissible que le variant B.1.1.7 actuellement dominant (niveau de confiance élevé).

Est-ce que le variant indien échappe à l’immunité ?

Pour le moment, il n’y a pas de données disponibles d’efficacité des vaccins en essais cliniques ou en études observationnelles en conditions réelles face au variant B.1.167. Il existe quelques données préliminaires sur des essais de séroneutralisation qui vont tester in vitro l’efficacité du sérum contenant des anticorps de personnes précédemment infectées (plasma convalescent) ou de personnes vaccinées. Ce type d’essai estime le titre (la quantité) d’anticorps neutralisants contre un virus. L’échappement immunitaire in vitro semble limité et moins important que pour le variant d’Afrique du Sud.

Pour les personnes précédemment infectées, la réduction de l’activité de neutralisation était entre 2 et 7. Pour les vaccins, la réduction de l’activité de neutralisation était entre 2,8 et 7.

Il faut avoir en tête qu’une réduction de l’activité de neutralisation (en in vitro) ne veut pas forcément dire que le vaccin devient inefficace face à un variant. Les vaccins entraînent des titres (quantités) d’anticorps élevés. Il y a une marge avant qu’un vaccin devienne inefficace.

Par exemple, si on prend les vaccins à ARNm de Pfizer, les essais de séroneutralisation montraient une réduction de l’activité de neutralisation face au variant 501Y.V2 (Afrique du Sud) et pourtant le vaccin de Pfizer reste efficace contre l’infection (asympatomatique ou symptomatique) à 75% contre le variant 501Y.V2 au Qatar, 14 jours après la seconde dose (Abu-Raddad 2021).

Et par rapport à la sévérité du COVID-19 ?

Il n’y a pas encore de données humaines pour le variant B.1.617

Une étude sur des hamster montre que l’infection au B.1.617.1 aboutit a une perte de poids plus importante, une charge virale plus élevée dans les poumons et des lésions plus importantes qu’avec le SARS-CoV-2 D614G.

Sources :