Coronavirus 2019-nCoV : premiers résultats des analyses des malades chinois, symptômes, transmission et état des lieux

[27/03/2020] Mise à jour : si tu cherches une synthèse rapide et en images, je t’invite à consulter ma présentation ici :

Un nouveau coronavirus (2019-nCoV ou appelé SRAS-CoV-2) lié au virus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et au virus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) a été découvert dans la ville de Wuhan, province de Hubei en Chine. Une publication ce vendredi 24 janvier 2020 a identifié que la séquence génétique du 2019-nCoV est très proche de celle des coronavirus SRAS de chauve-souris. Elle confirme également la transmission interhumaine possible avec un exemple de cas de transmission intra-familiale.

D’après l’INSERM, le risque qu’un passager infecté arrive en France est entre 5% et 13% selon le scénario, et se concentrerait surtout sur les aéroports de la région parisienne. Trois cas viennent d’être confirmés par la ministre en France à Paris et à Bordeaux. Le malade de Bordeaux revenait de Wuhan (Chine).

Le premier mois de l’épidémie du 2019-nCoV ?

• Le 31 décembre 2019, le bureau régional de l’OMS Chine a identifié dans la ville de Wuhan une cause inconnue de pneumonie. Au 3  janvier 2020, 44 personnes ont été identifiés avec cette même pathologie.
• Le 11-12 janvier, l’OMS a appris que le point commun de cette épidémie est l’exposition aux produits de la mer sur un marché à Wuhan
• Ce 12 janvier, la Chine a séquencé le génome de ce virus. La Chine a installé des contrôles de température à l’aéroport et dans les stations de train.
• Le lendemain, la Thaïlande a identifié le 1^er cas hors Chine.
• Le 15 janvier, le Japon a également identifié un malade atteint de ce nouveau coronavirus et le 20 janvier 2020 en Corée du Sud.
• Au 20 janvier, 282 cas confirmés ont été recensée. Sur les 278 cas chinois, 12 sont dans des conditions critiques et 6 sont décédés .
• Le 21 janvier, la Corée du Sud est passée de l’Alerte nationale Bleu (niveau 1) à Jaune (2/4)
• Au 23 janvier, 25% des malades chinois sont classifiés comme critique dont 4% sont décédés.
• 2 cas ont été exportés aux États-Unis (US CDC). Actuellement l’origine suspectée n’est plus le marché de Wuhan puisque moins de 15% des nouveaux cas ont visité ce marché. L’Australie annonce son 1er cas également.
• 3 cas viennent d’être confirmés en France
• Pour suivre en temps réel, l’évolution du nombre de cas : https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

Qu’est-ce que le coronavirus ?

Les coronavirus sont des virus provoquant un simple rhume au SRAS (Syndrome de détresse Respiratoire Aiguë). Les coronavirus sont des virus sphériques enveloppés, de 60 à 220 nm de diamètre, dont la structure, en partie encore hypothétique, comporterait une nucléocapside hélicoïdale à l’intérieur d’une capside de structure icosaédrique, elle-même entourée d’une enveloppe membranaire. Leur génome est constitué d’ARN linéaire simple brin.

Il existe des 4 groupes de sous-virus : alpha, béta, gamma et delta. Les coronavirus alpha et béta touchent l’Homme et les autres principalement les oiseaux. Chez l’homme, 4 coronavirus (229E, NL63, OC43 et HKU1) seraient responsables de 10 à 30 % des rhumes (CDC).

Les symptômes des coronavirus sont la fièvre, la toux, des difficultés respiratoires et peuvent se compliquer jusqu’au SRAS, des défaillances rénales avec un risque de décès (Pasteur).

Questions/réponses de l’OMS Organisation Mondiale de la Santé

Résultats des analyses de 41 patients chinois atteints du nouveau coronavirus dans The Lancet

Des chercheurs chinois (Huang 2020) ont fait des analyses sur 41 patients chinois atteints de 2019-nCov. 73% étaient des hommes. Ces patients avaient un âge médian de 49 ans (25 à 64 ans). Il n’y avait pas d’enfants ou d’ados infectés dans cette mini-cohorte. 66% d’entre eux ont voyagé au marché de Wuhan.

Les symptômes les plus courants étaient la fièvre (98%), tousser (76%), la fatigue (44%). Les symptômes moins courants étaient la production de crachats (11%), des maux de tête (8%) et la diarrhée (3%, un seul patient) alors que pour les virus du SRAS et MERS, 20-25% des malades avaient une diarrhée.

Les patients atteints du nouveau coronavirus avaient des niveaux élevés en cytokines pro-inflammatoires : L1B,  IFNγ, IP10 et MCP1 (liées à l’activation des lymphocytes TH1). Certaines cytokines pourraient être associées à un degré plus élevé de sévérité de symptômes comme les cytokines P10, MCP1, MIP1A, et TNFα.

La durée médiane entre les premiers symptômes et la dyspnée (difficultés respiratoires) est de 8 jours (5-13 jours). L’admission à l’hôpital était en médiane à 7 jours après les premiers symptômes. Le séjour en unité de soins intensifs était associé avec la dyspnée.

38% des patients en unité de soins intensifs sont décédés contre 4% non en unité de soins intensifs. Les patients en soins intensifs ont plus souvent eu la mise en place d’une respiration artificielle mécanique.

La limite de cette étude est bien sûr le nombre de participants.

Une analyse plus récente de 425 patients dans le journal NEJM

Le journal biomédical NEJM (Qun Li 2020) vient de publier les analyses de 425 cas confirmés âgés de 15 à 89 ans. La période d’incubation moyenne était de 5,2 jours (variant de 4,1 à 7 jours).

• chez les patients avec des symptômes avant le 11 janvier 2020 : le temps moyen avant une consultation médicale était de 5,8 jours
• chez les patients avec des symptômes après le 11 janvier : le temps moyen avant une consultation médicale était de 4,6 jours
• Le temps moyen entre les premiers symptômes et l’admission à l’hôpital était de 12,5 jours pour les 44 cas avec symptômes avant le 1er janvier et de 9,1 jours pour les gens avec des symptômes entre le 1er et le 11 janvier.
• Ils ont estimé un taux de reproduction de base R0 de 2,2 (un patient infecte en moyenne 2 autres personnes)

Analyse de 138 patients hospitalisés à Wuhan (JAMA, 7 février 2020)

Dawei Wang et ses collaborateurs ont étudié 138 patients atteints du 2019-nCoV à l’hôpital de Zhongnan à l’Université de Wuhan (cas confirmés entre le 1er et le 3 février 2020). L’âge médian était de 56 ans (intervalle de 22-92 ans).

Les principaux symptômes étaient la fièvre dans 98,6% des cas, la fatigue (69,6%), la toux sèche (59,4%). 22 patients ont eu un SRAS. Le délai médian entre le premier symptôme et la dyspnée (difficultés de respiration) était de 5,0 jours, 7,0 jours pour l’admission à l’hôpital et 8,0 jours pour le syndrome de détresse respiratoire aigu.

Une transmission (présumée) à l’hôpital du 2019-nCoV a été suspectée chez 41% des patients, 26% des patients ont reçu des soins de soins intensifs, et la mortalité était de 4,3%.

Description de 72 314 cas de coronavirus en Chine (JAMA 2020)

Le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (Zunyou Wu 2020) a publié une description d’une série de cas de COVID-19 en Chine continentale (mise à jour jusqu’au 11 février 2020). 44 672 (62%) sont des cas confirmés en laboratoire et il y avait 889 cas asymptomatiques (1% des diagnostiques).

Les cas sont en majeure partie des personnes âgées entre 30 et 79 ans (87% des cas). Les cas âgés de 10-19 ans représentent 1% des malades. La plupart des personnes ont eu des symptômes légers (81%) et 14% de cas graves (dyspnée, infiltrats pulmonaires…) et 5% critiques (insuffisance respiratoire, choc septique, dysfonctions d’organes). Le taux de létalité dans cet échantillon était de 2,3% (1023 décès/44 672 cas confirmés) et les personnes âgées de plus de 80 ans représentaient 20% des morts (208 décès sur 1 023 décès tout âge).

Le taux de mortalité était de 50% chez les personnes avec des états critiques et plus fréquents chez les personnes ayant des comorbidités (maladies cardiovasculaires, cancers, hypertension, maladies respiratoires…).

Étude sur 1099 patients en Chine (NEJM)

Une nouvelle étude (Wei-jie Guan 2020) publiée ce 28 février 2020 a décrit l’état de santé de 1 099 patients en Chine. L’âge médian des personnes atteintes était de 47 ans. 5% des patients ont été admis en soins intensifs et 1,4% sont décédés. La période d’incubation était de 4 jours.

Pourquoi est-ce qu’il y a autant d’attention sur ce virus ?

C’est le 7^ème coronavirus capable d’infecter l’Homme. Il n’existe pas de traitements contre ce virus, mis à part pour traiter les symptômes. La transmission inter-humaine est avérée. Des traitements anti-rétroviraux comme le remdesivir, le lopinavir et le ritonavir avaient été testés pour traiter les virus du SRAS et du MERS-CoV mais leur efficacité n’a pas été prouvée. Ces deux premiers ont été (re)testés pour traiter le 2019-nCoV.

Une étude in vitro (Manli Wang) a testé 5 médicaments (la ribavirine, le penciclovir, le nitazoxanide, le nafamostat et la chloroquine) et 2 anti-rétroviraux à spectre large (le remdesivir et le favipiravir) sur des cellules (Vero E6) infectées par le 2019-nCoV.

Le nafamostat, un puissant inhibiteur du MERS-CoV, qui empêche la fusion des membranes, était inhibiteur contre l’infection au 2019-nCoV. Le remdesivir (un analogue de l’adénosine qui s’intègre aux chaînes d’ARN viral et il agit comme agent terminal de chaîne et arrêtent l’action de l’ADN polymérase virale) et la chloroquine (médicament anti-paludisme et anti-viral qui fait augmenter le pH des endosomes et empêche la fusion virus/cellule) ont bloqué l’infection virale à de faible concentration (concentration efficace mi-maximale (CE ₅₀ = 0,77 μM et 1,13 μM respectivement).

Est-ce que le 2019-nCoV survit dans le milieu extérieur ?

Il n’existe pas de données scientifiques pour ce nouveau virus à ce jour. Toutefois, par analogie avec les autres virus de la même famille, ce virus est certainement capable de rester infectieux dans le milieu extérieur de quelques heures à quelques jours, selon le milieu, la température, l’humidité dans lequel il se trouve. Les autres coronavirus peuvent survivre quelques heures sur une surface sèche et tenir quelques jours dans les milieux humides (DGS).

Est-ce que le nouveau coronavirus peut se transmettre d’homme à homme ?

J’ai écrit un 2nd article beaucoup plus détaillé sur la transmission inter-humaine ici : https://quoidansmonassiette.fr/coronavirus-2019-risques-deces-ncov-mortalite-taux-de-reproduction-de-base-et-letalite-evaluer-les-risques/

Une publication de The Lancet (Jasper-Fuk Woo Chan 2020) confirme que la transmission interhumaine est possible. Une famille de 6 patients a été étudiée. 5 membres de cette famille ont été infectés avec le nouveau coronavirus et avaient voyagé à Wuhan. Le 6^ème membre a été infecté quelques jours après et après avoir été en contact avec les 4 autres membres de la famille. Aucun d’eux n’avait eu des contacts avec les animaux au marché de Wuhan.

Ils ont été admis à l’hôpital 6-10 jours après les premiers symptômes. Les ARN viraux de leur coronavirus ont été séquencés par RT-PCR. La publication du 31 janvier 2020 dans le journal NEJM confirme la transmission inter-humaine.

Le journal BMJ Opinion, le Dr Abraar Karan de l’Université d’Harvard s’inquiète plutôt de la montée de la xénophobie : « Jusqu’à présent, ce qui s’est propagé plus rapidement que le coronavirus, c’est la xénophobie qui en est issue. Et l’une des conséquences difficiles est que les gens peuvent être plus réticents à se présenter aux autorités de santé« 

Les objets importés de Chine sont-ils à risque ?

Comme pour la grippe aviaire en 2004-2005 et pour le SARS, aucun cas de contamination par les objets n’a été rapporté. Il n’y a aucun rapport de transmission du nouveau virus via les aliments. Il n’y a aucune preuve que les aliments importés dans l’Union européenne conformément aux réglementations applicables en matière de santé animale et de santé publique régissant les importations en provenance de Chine présentent un risque pour la santé de l’UE citoyens par rapport à 2019-nCoV.

Quel est le niveau de risque ?

L’agence européenne European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) estime que (au 2 février 2020) :

• Le risque d’infection est élevé pour les citoyens de l’UE résidant ou visitant la province du Hubei
• La probabilité d’infection est modérée pour les citoyens de l’UE dans les autres provinces chinoises
• Il existe une probabilité modérée à élevée d’importer de nouveaux cas dans les pays de l’UE
• Il existe une faible probabilité de transmission interhumaine durable au sein de l’UE

Faut-il porter un masque pour se protéger ?

Le port de ce type de masque par la population non malade afin d’éviter d’attraper la maladie n’est pas recommandé et son efficacité n’est pas démontrée. Par contre, en cas de symptômes respiratoires, il est recommandé d’en porter pour éviter de contaminer les autres.

Comment s’en prémunir ?

Le virus pénètre dans votre corps par les yeux, le nez et la bouche, évitez donc de les toucher avec des mains non lavées. Il faut se laver au moins 20 secondes les mains avec du savon (ECDC) ou utiliser une solution désinfectante à base d’alcool : les règles élémentaires d’hygiène.

Quelle est l’origine de ce nouveau coronavirus ?

Une publication dans Journal of Medical Virology (Wei Ji 2020) estimait que le virus recombinait proviendrait des serpents. D’autres chercheurs ont fait un commentaire dans Nature disant qu’il n’y a pas de preuves que les coronavirus cohabitent dans d’autres hôtes que les mammifères et les oiseaux.

Les séquences génétiques des coronavirus des malades sont très très proches. La séquence génétique de ce nouveau coronavirus est très proche phylogénétiquement des séquences virales de coronavirus de chauves-souris : bat-SL-CoVZXC21, bat-SL-CoVZC4 et bat-SL-CoVZC45. La séquence identifiée mesure 29,8 kilobases avec une teneur en GC de 38% (coefficient de Chargaff très utilisé en taxonomie).

L’ARN du nouveau coronavirus est très proche des coronavirus liés au SARS retrouvé dans les chauves-souris Rhinolophus sinicus, identique à 89% pour les nucléotides du virus bat-SL-CoVZC45. Le 1^er coronavirus SRAS avait été identifié dans cette espèce à HongKong en 2005.

La sous-unité 1 du virus est à 68% identique en séquence nucléotidique des coronavirus du SRAS.

Une seconde étude pré-publiée (Zeng-Li Shi 2020) confirme que le génome du 2019-nCoV (virus échantillonné à partir de 7 patients infectés) ressemble à 96,2% au génome du coronavirus de chauve-souris BatCoV RaTG13.

Ces chercheurs ont également mené une étude in vitro avec des cellules Hela exprimant ou n’exprimant pas le récepteur ACE2. Celui-ci était impliqué dans l’entrée du coronavirus du SRAS (Lanying Du 2009, Nature Reviews Microbiology).

Ils ont constaté après infection des cellules Hela par le 2019-nCoV que seules les cellules exprimant le récepteur ACE2 ont été infectées (en rouge).

Une autre équipe américaine (Letko et Munster 2020) pense également que le récepteur ACE2 est une porte d’entrée de ce nouveau coronavirus.

Combien de personnes peuvent être infectées par un malade atteint du 2019-nCoV ?

Le taux de reproduction de base en épidémiologie des maladies infectieuses est le nombre moyen de cas (de malades) secondaires provoqués par un sujet atteint d’une maladie transmissible au sein d’une population entièrement réceptive. Si R0 > 1, le nombre de cas s’accroît à chaque génération créant une situation épidémique.

Des chercheurs de l’Université de Hong Kong (Shi Zhao 2020) estiment que ce R0 est de 3,30 à 5,47, c’est à dire qu’un malade pourrait infecter entre 3 et 5 personnes. Ces résultats sont bien sûr à interpréter avec prudence à cause du manque de recul.

Une équipe du Royaume-Uni (Jonathan Read 2020) a calculé un R0 entre 3,6 et 4 en utilisant 500 simulations de modèles compartimentaux (épidémiologie). Dans les jours à venir, certains pays importeraient de Chine moins de 15 cas/jour.

A titre de comparaison, le R0 de la grippe est de 1,4 à 2 et pour la rougeole (plus contagieuse) de 15 à 20 (Antoine Flahault, EHESP).

Est-ce qu’il y a déjà eu des épidémies similaires par le passé ?

Oui, les coronavirus ont causé l’épidémie de pneumonie du SRAS en 2003. En novembre 2002, le 1^er cas avait identifié en Chine. En février 2003, le 1^er cas de SRAS était identifié à Hong Kong. Le 12 Mars, l’OMS lançait une alerte mondiale. Au 17 Juin 2003, il y a eu 8 464 cas probables et 799 décès, soit 10% de létalité.

Le MERS a été identifié en 2012 au Moyen-Orient (surtout en Arabie Saoudite avec 80% des cas). Le MERS-Coronarvius pourrait provenir des dromadaires comme source infectieuse. Ce virus du Moyen-Orient avait un taux de létalité de 37%. Voici un tableau comparatif :

Est-ce que le coronavirus pourrait arriver en Europe ?

Le risque d’introduction en Europe de cas liés à cet épisode est considéré comme modéré à ce jour par l’European centre for disease prevention and control (ECDC). Des chercheurs américains (Chinazzi 2020) ont estimé la probabilité d’importer le virus par les aéroports :

Quelle précaution prendre pour voyager en Chine ?

Actuellement, l’OMS ne préconise pas à ce stade de restrictions des voyages ni la mise en place de procédures de dépistage pour les pays concernés. Vous pouvez trouver ici les recommandations pour les voyageurs :

https://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays-destination/chine/

Lors d’un voyage en Chine, il faut appliquer les règles d’hygiène élémentaires : il faut se laver souvent les mains ou se les désinfecter avec une solution hydroalcoolique après être allé aux toilettes, avant de manger ou après tout contact avec des animaux. Il faut d’ailleurs éviter le contact avec les animaux ou leurs excréments et excrétions.

Les personnes susceptibles d’avoir été exposées au virus lors d’un voyage en Chine et présentant des symptômes respiratoires lors de leur retour en France doivent appeler le 15. Ils ne doivent pas se rendre aux urgences ni aller chez leur médecin pour éviter une potentielle transmission ! Voici un complément de recommandations:

https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/fr-conseil_voyageur_coronavirus_a4.pdf

Estimations du nombre de personnes infectées en Chine

Des chercheurs de l‘Imperial College London estiment qu’au 18 janvier, environ 4 000 cas de 2019-nCoV dans la ville de Wuhan (plage d’incertitude: 1 000 – 9 700) ont débuté des symptômes. Ils n’ont pas été capable d’estimer le taux de croissance épidémique.

Cette estimation se base sur le fait que l’aéroport de Wuhan comporte 19 millions . Il y a un délai de 10 jours entre l’infection et la détection avec une période d’incubation de 5-6 jours et un délai de 4-5 jours avant l’apparition des symptôme. Environ 3 301 passagers par jour quittent l’aéroport de Wuhan par avion.

Il reste actuellement des questions sur l’origine du virus (quel réservoir animal ?), la transmission de l’animal vers l’homme, la persistance du virus dans l’environnement.

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Sources :

Chaolin Huang et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet. 24 Janvier 2020. https://www.thelancet.com/pb-assets/Lancet/pdfs/S0140673620301835.pdf

Michael Letko and Vincent Munster. Functional assessment of cell entrey and receptor usage for lineage B beta-coronaviruses, including 2019-nCoV https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.915660v1.full.pdf+html

Zheng-Li Shi, Peng Zhou et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1.full.pdf+html

WHO. Situation report. https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

MRC Centre for global infection disease analysis. News/Wuhan Coronavirus https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/news–wuhan-coronavirus/

Preliminary assessment of the International Spreading Risk associated with the 2019 novel Coronavirus (2019-nCoV) outbreak in Wuhan City. January 21, 2020 https://www.mobs-lab.org/uploads/6/7/8/7/6787877/wuhan_novel_coronavirus_jan21.pdf

https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan

https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china