Coronavirus 2019-nCoV : cartes, nombre de cas et de décès, évolutions des précédentes épidémies SRAS, MERS et H5N1 en graphiques

Mise à jour (21/03/2020) : je viens de faire une énorme synthèse sous forme de questions/réponses, je t’invite à la consulter en premier (elle répond à une 30aine de questions communes sur le COVID-19) : https://quoidansmonassiette.fr/covid-19-analyse-synthese-informations-fiables-symptome-dynamique-epidemie-traitement/

Je vous propose un article en image. J’ai tracé différents graphiques qui montre l’évolution de l’épidémie du nouveau coronavirus et des précédentes épidémies du SRAS, MERS, H5N1 et Ebola.

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Impact des mesures d’interventions de distanciation sociale sur l’incidence du COVID-19

Au 13 Mars 2020, j’ai tracé l’évolution du nombre de cas, du taux de létalité et de guérison dans plusieurs pays (Europe de l’Ouest, Iran, pays asiatiques). Certains pays comme Taiwan, la Chine, Singapour ou la Corée du Sud ont pris des mesures de restrictions de vol des zones à risque, des mesures de mise en quarantaine (voire des amendes si non respect des consignes), cela semble avoir payé puisqu’ils ont réussi à faire infléchir le nombre de nouveaux cas (et donc arriver à un plateau en nombre de cas).

Source des données : Johns Hopkins University Center for Systems Science and Engineering (JHU CSSE)

Évolution de l’épidémie du nouveau coronavirus

Au 25 février 2020, l’ECDC indique 80 134 cas confirmés en laboratoire et 2698 décès dans le monde et 276 cases en Europe.

Le 13 février, la Chine a changé son mode de comptage de cas ce qui a donné lieu à un pic du nombre de cas en prenant en compte les scanners thoraciques (diagnostiques cliniques) en plus des diagnostiques en laboratoire de l’ARN du virus.

Le taux de létalité (= rapport Nombre de décès/Nombre de cas confirmés en laboratoire) est entre 2% et 3%.

Taux de mortalité/létalité et sémantique

Ici, le “taux de mortalité” est le rapport du nombre de décès/nombre de cas confirmés en laboratoire. Il varie au cours du temps (d’où les graphiques avec l’axe X fonction du temps) et est provisoire tant que l’épidémie n’est pas terminée.

Des fois, le terme “taux de létalité” (=”fatal case rate FCR” est utilisé pour ne pas confondre le taux de mortalité rapporté à la population totale. J’ai gardé le terme taux de mortalité parce que c’est celui-ci qui était utilisé dans les journaux BMJ, The Lancet avec “mortality rate” ou OMS Jusqu’à ce qu’on en sache plus sur la maladie, les taux de mortalité ne sont calculés qu’à partir des cas confirmés en laboratoire”. Si on prend en compte les cas non diagnostiqués, non confirmés en laboratoire, cela fait bien sûr diminuer ce taux.

Taux de létalité (Fatal Case Rate CFR) : nombre de cas confirmés/nombre de décès

Cet indicateur du taux de létalité (CFR) est simple à calculer mais biaisé en début d’épidémie :

  • le CFR est sous-estimé puisqu’on ne prend pas en compte le temps de latence entre le fait d’être tombé malade (être un cas) puis d’éventuellement décéder : des cas n’auront pas passé un nombre de jour suffisant de jours malades pour décéder du COVID-19
  • le CFR est surestimé puisqu’on détecte en premier les cas avec des symptômes graves. Des cas légers et asymptomatiques ont beaucoup moins de chance d’être détectés et pris en compte. Le dénominateur (nombre de cas) est donc sous-estimé, ce qui fait surestimé le CFR.
  • le CFR est spécifique d’une population et d’une localisation. Les conditions climatiques, le système de santé ne sont pas les mêmes selon les pays. Par exemple, le taux de diagnostic et de détection peut être meilleur dans les pays développés. En début d’épidémie, il est variable au cours du temps puisque le nombre de cas et décès va évoluer.

Évolution du nombre de cas en Chine et dans le monde au 14 février 2020

Évolution de l’épidémie du SRAS en 2003

Le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère a été identifié vers fin février 2003 et est causé par le coronavirus SRAS-CoV. Les premiers cas de cette “pneumonie atypique” sont apparus à la mi-novembre 2002 en Chine dans la Province de Guangdong. Le taux de létalité global est de 14-15% et peut atteindre 50% pour les personnes âgées (OMS 2003). Voici l’évolution du nombre de cas et de décès au niveau mondial :

Voici l’évolution du taux de mortalité (= nombre de décès/ nombre de cas confirmés) au niveau mondial du coronavirus SRAS lors de l’épidémie en 2003 :

Évolution de l’épidémie du MERS-CoV

Le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) est une maladie respiratoire virale due à un nouveau coronavirus (Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient – MERS‐CoV) détecté pour la première fois en 2012 en Arabie saoudite. Ce virus peut provoquer un rhume banal à un SRAS. Environ 35% des cas notifiés d’infection par le MERS-CoV ont abouti au décès du patient. Voici l’évolution du nombre de cas et de décès au niveau mondial :

Voici l’évolution du taux de mortalité (nombre de décès/ cas confirmés) au niveau mondial. La létalité du MERS était beaucoup plus importante que celle du 2019-nCoV :

Petite erreur : l’axe des Y est bien le taux de mortalité en %. Le taux de mortalité est autour de 35%

L’épidémie d’Ebola en Afrique

L’Ebolavirus est une maladie grave et souvent mortelle avec un taux de létalité moyen de 50%. Les principaux symptômes sont la fatigue, des douleurs musculaires et maux de tête et gorge puis arrivent des vomissements, des diarrhées et des hémorragies internes et externes dans certains cas. La durée d’incubation varie de 2 à 21 jours.La virus se transmet à partir des animaux sauvages (zoonose) puis se propage par transmission interhumaine. Ce virus a été identifié pour la première en 1976 au Soudan et en République démocratique du Congo. L’épidémie d’Ebola en 2014-2016 en Afrique de l’Ouest a été la plus importante et complexe (OMS). Voici l’évolution du nombre de cas et de décès en Guinée, au Liberia et en Sierra Leone (fin juin 2016, l’OMS dénombre 28 000 cas confirmés et 11 000 décès )

L’épidémie d’Ebola a donné lieu à presque 30 000 cas

Voici l’évolution du taux de mortalité (=nombre de décès/ nombre de cas confirmés dans 3 pays africains), celui-ci est très élevé entre 30 et 70% (vs 2-3% pour le 2019-nCoV) :

Attention l’échelle des Y=taux de létalité commence à 30% ! Le taux de mortalité lié à Ebola est >40%

La pandémie du H5N1

La plupart des grippes aviaires ne touche pas l’Homme. Cependant, il arrive que certaines grippes soient zoonotiques et que le virus passe chez l’Homme. Les virus aviaires sous-types H5N1, H7N9 et H9N2 sont zoonotiques par exemples. Les virus grippaux aviaires, porcins et autres virus grippaux zoonotiques peuvent causer des infections bénignes des voies respiratoires supérieures (fièvre et toux), une production précoce d’expectorations pouvant rapidement évoluer vers une pneumonie grave, un syndrome de détresse respiratoire aigu, un choc septique voire le décès.

Les premiers cas humains de H5N1 ont été identifiés en 1997 à Hong Kong. Depuis 2003, le virus s’est propagé en Asie et en Europe.

Voici l’évolution du nombre de cas et de décès liés au H5N1 dans le monde depuis 2003 :

Le nombre de cas confirmés en laboratoire de H5N1 est inférieur à 1000 mais la létalité est importante autour de 50%. Voici l’évolution du taux de mortalité (nombre de décès/nombre de cas confirmés) depuis 2003 dans le monde :

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Sources :

Ebola https://www.cdc.gov/vhf/ebola/history/2014-2016-outbreak/case-counts.html
Influenza H5N1https://www.who.int/influenza/human_animal_interface/H5N1_cumulative_table_archives/en/
SARShttps://www.who.int/csr/sars/country/en/
MERShttps://www.who.int/csr/don/archive/disease/coronavirus_infections/en/

14 pensées sur “Coronavirus 2019-nCoV : cartes, nombre de cas et de décès, évolutions des précédentes épidémies SRAS, MERS et H5N1 en graphiques

  • 2 février 2020 à 16 h 06 min
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    L’autoscale dans des graphiques à comparer…

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    • 2 février 2020 à 22 h 49 min
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      Bonjour, merci de votre commentaire. J’ai mis du texte et des légendes, je pense pas que le lecteur sera perdu… sauf s’il ne sait pas lire une échelle 🙂 mais j’ai précisé quand l’échelle ne commence pas à zéro

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      • 9 février 2020 à 9 h 31 min
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        Merci, c’est très parlant. Arriverez vous à continuer à publier ces chiffres jus qu’à l’inflexion de la courbe du coronavirus ?

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        • 9 février 2020 à 10 h 48 min
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          Bonjour et merci pour votre retour. Je mets à jour tous les 2-3 jours les 2 premiers graphiques sur le 2019-nCoV. Bien cordialement

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  • 2 février 2020 à 23 h 46 min
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    Je suis étonné de la manière dont est calculé le taux de mortalité. Le ratio communément admis de nombre total de décès/ nombre total de patient infectés ne peut être une indication. Certains malades infectés vont guérir et d’autre s vont mourir. Les malades ne peuvent sortir de l’hôpital que s’ils sont en bonne santé et guéris. Il faut donc tenir compte du nombre des guérisons.
    Actuellement pour le coronavirus ont est à un nombre de décès et un nombre de guérison voisin. Le taux de mortalité se situerai de 40 à 50%. On est au début de la maladie épidémique et il nous faut espérer dans l’avenir que beaucoup de malades quitteront l’hôpital guéris pour faire chuter ce taux. Nous devons attendre et comptabiliser les cas de guérison.

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    • 3 février 2020 à 10 h 15 min
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      Bonjour, merci pour votre commentaire.
      Je viens d’ajouter un paragraphe de précision. J’ai gardé le terme taux de mortalité parce que c’est celui-ci qui était utilisé dans les journaux BMJ, The Lancet avec “mortality rate” ou OMS Jusqu’à ce qu’on en sache plus sur la maladie, les taux de mortalité ne sont calculés qu’à partir des cas confirmés en laboratoire”. Si on prend en compte les cas non diagnostiqués, non confirmés en laboratoire, cela fait bien sûr diminuer ce taux.

      Ici, le “taux de mortalité” est le rapport du nombre de décès/nombre de cas confirmés en laboratoire. Il varie au cours du temps (d’où les graphiques avec l’axe X fonction du temps) et est provisoire tant que l’épidémie n’est pas terminée. A un temps t, le dénominateur est le nombre de cas parce qu’en général, on ne connait pas le statut du cas (s’il va guérir ou mourir)

      C’est un indicateur fonction du temps tant que l’épidémie n’est pas finie intéressant parce que ça permet de voir la gravité, la létalité du virus

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      • 5 février 2020 à 11 h 53 min
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        Bonjour, je suis d’accord avec CPI. il faut prendre en compte le temps de guérisons/mortalité.
        ceux qui meurent ou guérissent aujourd’hui sont ceux qui étaient infectés il y a combien de temps?
        il y avait combien d’infecté à ce moment là.
        le 4 000 infectés hier ne vont pas mourir ou guérir avant combien de semaine ?

        aujourd’hui le taux serait plutôt autour de 30%.

        c’est ce que l’on voit sur le grraph du SRAS ou le tx est monté au bout de plusieurs semaines.
        (le temps de avant la mort ou la guérison pouvant s’allonger avec les soins)

        mais dire 2% permet également d’atténuer la psychose (quand on voit ce qui sort de certains commentaires, ce n’est pas plus mal)

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    • 22 février 2020 à 13 h 30 min
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      Psychologiquement, il vaut mieux ne pas en tenir compte. Il y a plus d’espoir de s’en sortir lorsque l’on attrape une maladie avec un taux de mortalité provisoire de 2% qu’un taux provisoire de 50%… Et le mental joue beaucoup dans les guérisons.

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  • 3 février 2020 à 15 h 44 min
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    Il faut retirer les animations des graphes… C’est inutile et on ne peut pas se concentrer sur le résultat final.

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  • 11 février 2020 à 14 h 03 min
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    Le taux de mortalité du sras en fonction du temps est éloquant! Au début il était évalué à 2% mais en réalité il a toujours été autour de 10%.
    Je crois que le nouveau coronavirus possède à peu près le même taux de 10%. Je ne comprends pas pourquoi les autorités font le calcul simpliste du nombre de morts divisé par le nombre d’infectés sans tenir compte du délai entre la contamination d’une personne infectée et sa mort ou sa guérison. Le fait de ne pas dire à la population les vraies choses peut amener les pays à sous estimer la dangerosité du virus. Un peu comme le président Trump qui disait hier que le coronavirus allait disparaitre au mois d’avril parce que le virus n’aimait pas la chaleur????

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  • 22 février 2020 à 13 h 18 min
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    Ceux qui critique le taux de mortalité donné dans ce blog oublie deux petites choses.
    1. Si dans les premiers temps, les patients n’ont pas “eu le temps de mourir” (pardonnez l’expression), ils n’ont pas forcément eu le temps de guérir non plus. Dans les tous premiers temps où l’on ne sait pas forcément diagnostiquer rapidement ni donner les bons traitements, on risque d’avoir des ratio mortalité/guérison trop élevé
    2. Si le taux de mortalité était défini comme étant le nombre de morts / nombre de guéris, un virus qui tue tous les patients aurait un taux de mortalité infini… Un virus qui tue une personne sur deux, un taux de 100% ; 1 personne sur 3 : 50%… Ces chiffres ne sont pas très parlant. Pour le commun des mortels, si l’on dit que le taux de mortalité est de 100%, il sera compris, que le virus tue toutes les personnes infectées. Si l’on dit par exemple, qu’un virus a un taux de mortalité de 233%, combien ai-je de chance de m’en mourir si je l’attrape ? Il faut faire le calcul 233/(233+100) soit 233/333. Alors de tête ?? tic tac tic tac… Ca donne 0,6997 soit environ 0,70.

    Bref vous l’avez compris, l’idée derrière le taux de mortalité c’est bien de donner le nombre de décès/le nombre d’infection.

    Pour palier au problème des débuts d’épidémie, il faudrait donner le taux de guérisons également. La somme des deux ne donne pas 100% tant que l’épidémie n’est pas finie mais s’en approche fortement si le nombre de personnes infectées devient faible par rapport au nombre de guéris+décès. Si l’on a 3% de décès et 10% de guérisons, on comprend vite qu’il y a une grosse marge d’évolution possible. Si on a 5% de décès et 90% de guérisons, on voit bien que les chances de mourir du virus ne sont pas si éloignées des 5% (au pire, 10%…).

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  • 10 mars 2020 à 8 h 47 min
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    Il faut bien donner le ratio nombre de décès sur nombre de cas, mais le nombre de cas doit seulement comprendre des décédés plus des guéris. Il faut retirer du nombre de cas les malades qui sont en train de développer la maladie. Si vous les laissez dans le dénominateur, vous diminuez artificiellement le ratio d’une façon qui peut être considérable. Si la maladie dure 15 jours, vous devez comparer les décès au 15 jour au nombre total de cas au 15e jour, et ne pas ajouter à ces cas les malades des 14 jours précédents comme si aucun ne devait décéder de la maladie.
    Si vous avez 150 malades durant 15 jours et 5 patients qui décèdent le 15e jour de leur maladie, cela fait 3,33% de taux de mortalité si on considère tous les patients, mais en réalité cela fait 50% de taux de mortalité, parce que cela signifie qu’un patient sur deux mourra de la maladie, le 15e jour.

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